Dois anos se passaram, a cidade de Midgar ficou em ruínas e a Shinra falida. Mas todos estão tentando se reestabilizar. Com isso,para piorar a crise aparece uma doença mortal chamada Geostigma, ainda sem cura. Com essa ameaça, Cloud é forçado a largar sua solidão, a dor que carregava em seu coração, e ajudar seus amigos e cidade contra o terror que ha de vir (Lozz, Kadaj e Yazoo).
